株の損失は3年繰り越せる｜確定申告したほうが有利な場合と扶養・保険料への影響

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先に結論を書きます。特定口座（源泉徴収あり）なら確定申告は原則不要ですが、自分で申告したほうが有利になる場面が3つあります。証券会社をまたいで損益を合わせるとき、損失を翌年以降に繰り越すとき（最長3年）、配当の課税方式を選び直すときです。ただし申告した利益は合計所得に含まれるので、扶養や保険料のほうで負担が増えることがあります。私はこの両方を並べて見るようにしています。

※私は投資助言・代理業の登録を受けていません。この記事は私自身の考えと手続きの記録で、特定の商品や判断をおすすめするものではありません。制度と数字は2026年10月時点のものです。具体的な判断は税理士や税務署に相談してください。

複数の証券会社に口座があるとき｜通算は自動では行われません

A社の特定口座で30万円の利益、B社の特定口座で20万円の損失が出たとします。それぞれの口座の中では別々に処理されるので、A社では30万円の利益に対して60,945円が引かれ、B社の20万円の損失は使われないまま残ります。

この2つを合わせて10万円の利益にするには、自分で確定申告をします。申告すれば税額は20,315円になり、差額の40,630円が戻ってきます。私は証券会社を増やしすぎると、この管理が面倒になると思って、使う口座の数を絞っています。

譲渡損失の繰越控除は3年｜損失が出た年から毎年申告が必要です

その年の損益を合わせても損失が残った場合、上場株式等の譲渡損失は翌年以降3年間にわたって繰り越し、将来の譲渡益や配当から引くことができます。

ここで落としやすいのが、申告を続けなければならないという点です。損失が出た年に確定申告をするだけでは足りません。繰り越している途中の年も、売買がまったくなかった年でも、毎年続けて確定申告をしないと繰越が切れてしまいます。私はこれを知らずにいたら確実に落としていたと思います。

確定申告をすると合計所得に含まれます｜扶養と保険料への影響

ここは誤解しやすいところなので、分けて書きます。源泉徴収ありの口座の中で完結させているあいだは、その譲渡益や配当は合計所得金額に含まれません。だから扶養の判定や国民健康保険料の計算にも出てきません。

ところが、損益通算や繰越控除のために自分で確定申告をすると、その譲渡益や配当は合計所得金額に含まれる扱いになります。影響が出ることがあるのは、たとえば次のようなところです。

• 配偶者や家族の扶養の判定（合計所得で見ます）
• 国民健康保険料や介護保険料、後期高齢者医療の保険料
• 自治体の医療費や保育料などの所得による判定

税金が戻ってくる申告をしたら、翌年の保険料が上がって差し引きで損をした、ということが起こり得ます。どちらが有利かは所得の構成や家族の状況で変わるので、ここは自分で決めずに税務署や市区町村の窓口、税理士に確認する場面だと私は考えています。

所得税と住民税で違う課税方式を選ぶことは、もうできません

かつては、所得税は総合課税で申告して配当控除を使い、住民税は申告不要制度を選んで保険料への影響を避ける、という選び方ができました。この使い分けができたのは令和4年分までです。令和5年分（住民税は令和6年度）から、所得税と住民税の課税方式は一致させることになりました。

古い記事や古い本にはまだこのやり方が書かれていることがあります。私も一度この情報で考えてしまったので、ここは年度を見てから読むようにしています。

配当を総合課税にするか申告分離にするか、私が見ている分かれ目

上場株式の配当を申告するとき、総合課税と申告分離課税のどちらかを選びます。総合課税を選ぶと配当控除が使えます。配当控除は、課税総所得金額1,000万円以下の部分について所得税で10%、住民税で2.8%です。申告分離課税を選ぶと配当控除は使えませんが、譲渡損失と通算できます。

よく言われる分かれ目は課税所得695万円です。ただ私が数字を並べてみた感じでは、695万円から900万円までの23%の帯ではほとんど差がつきません。差がはっきり開いてくるのは課税所得900万円を超えてからです。それと、総合課税にすると合計所得が増えるので、前の見出しで書いた保険料のほうの影響も一緒に見ることになります。

私の場合は譲渡損失との通算を優先したいので、申告する年は申告分離を選んでいます。これは私の事情での選び方です。

2024年から、NISA口座の損失はなかったものとみなされます

NISA口座で損失が出ても、税制上はなかったものとみなされます。特定口座や一般口座の利益と通算することはできず、3年の繰越控除にも使えません。NISAで30万円の損失、特定口座で50万円の利益という年でも、課税されるのは50万円のほうの全額です。

私はNISAの枠は売らないつもりで持つ会社に使って、課税口座のほうで通算を考える、という分け方にしています。

成立して動いている話と、まだ検討段階の話

成立して動いているのは、譲渡損失の3年繰越控除、繰越には毎年の確定申告が必要なこと、令和5年分から所得税と住民税の課税方式を一致させること、配当控除の率、NISAの損益は課税口座と通算できないことです。2026年10月時点でいずれも施行されています。

検討段階なのは、金融所得を社会保険料にどこまで反映させるかという議論です。決まっているのは、2026年5月29日に成立した健康保険法等の改正で、2029年8月から75歳以上の方は申告していない配当も保険料と窓口負担に反映されること（NISA口座の中は対象外）までです。それより広い話はまだ決まっていないので、私は決まってから動くことにしています。

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